Doanh nghiệp trả phí bản quyền sử dụng hệ thống NetSuite theo hình thức thường niên hàng năm. Chi phí này được cấu thành bởi 3 thành phần chính là: nền tảng lõi – core platform, các phân hệ, và số lượng người sử dụng. Cách trả phí này hoàn toàn đối lập với một số tiền lớn trả một lần để sở hữu vĩnh vĩnh bản quyền phần mềm của các hệ thống theo mô hình on-premise.

Các phân hệ cơ bản như kế toán, quản lý kho, quản lý đơn hàng, thuế được tính là có sẵn trong nền tảng lõi – core platform của NetSuite. Cách tính chi phí của NetSuite là theo mô đun, nghĩa là khách hàng có thể chi trả cho đúng những gì họ muốn khi họ cần. Cách này rất phù hợp với sự phát triển của doanh nghiệp trong tương lai khi các phân hệ mới và số lượng người dùng mới có thể dễ dàng được thêm vào. Đây chính là lợi ích khác biệt của phần mềm Cloud.

Các phân hệ khác nhau sẽ cung cấp các khả năng khác nhau, chi phí của chúng cũng khác nhau. Ngoài ra còn có chi phí triển khai là khoản thanh toán một lần cho đối tác để thiết lập hệ thống lần đầu. Chi tiết khoản phí triển khai này phụ thuộc vào đối tác và từng trường hợp cụ thể.